هدايت داستان را در دو بخش‏ نوشته است، اين را خوانندگان و منتقدان مى‌دانند؛ اما دو بخشى كه روى آن انگشت گذاشته‌اند، همان بخش‏بندى صوريى است كه نويسنده عامدانه و از سرِ رد گم كردن براى خواننده قائل شده است، تا بتواند داستان خوابگزارى خود را بنويسد. هم‌چنان است كه بسيارى به دام‌چاله‌اى افتادند كه گويا داستانِ بوف‌كور، روايت يك مرد بيمار است كه زنِ خيانتكارش‏ پياپى طاق و جفت فاسق دارد و با شوهر بيمارش‏ هيچ گونه همخوابگى ندارد. آخر سر هم غيرت اين مرد بيمار وادارش‏ مى‌كند، لكاته خائن را بكشد و بنشيند روايت اين عمل ناموسى را بنويسد. برخلاف آن‌چه منتقدين باورداشته‌اند، جنايتى در كار نبوده است؛ زيرا خودِ راوى آشكارا مى‌گويد زن همهنگام پانهادن به خانه بر بستر درازشده و مرده بود. راوى با پيكره‌ى بى‌جانِ زن هماغوشى مى‌كند. آغازِ داستان هم بخش‏ دوم نبوده كه زندگانى راوى با زنش‏ را شرح بدهد و او را بكشد و آن‌گاه در بخش‏ نخست شرح ماجرا را بنويسد؛  بلكه رويداد به همان گونه‌اى رخ داده كه در متن آمده است.

اما دوبخش‏ واقعى كدامند؟ خودِ داستان اين را از زبانِ راوى برايمان روشن مى‌سازد: بيدارى و خواب. تمامى رويداد از غروبِ سيزده‌بدر مى‌آغازد و تاريك روشن هوا، به هنگام خروس‏خوان فردايش‏ پايان مى‌يابد. داستان بوف‌كور نه در طول چند سال، نه دوماه و چهار روز، بلكه دقيقا" از يك خروس‏خواب تا خروس‏خوان به درازا مى‌كشد. رويدادهاى ماجرا تنها رويايى در غروب و خوابى در واپسين دم صبح كاذب مى‌باشد.

از همين رو هدايت به درستى به جاى شرح واقعيت بيرونى در اين داستان، نوعى انديشيدن به واقعيت را شرح مى‌دهد.

در بخش‏ نخست راوى زندگانى‌اش‏ را در بيدارى شرح مى‌دهد كه براى سايه‌ى خودش‏ دارد داستانى مى‌نويسد. همه‌ى چيزها و عناصر داستان واقعى‌اند. يك نقاش‏ كه كارش‏ نقاشى و چهره‌آرايى روى قلمدان است، پس‏ از نقش‏زنىِ خود به اثر خيره مى‌شود. در اين تصويرِ هميشگى، » ... يك درخت سرو مى‌كشيدم كه زيرش‏ پيرمردى قوز كرده، شبيه جوكيان هندوستان عبا به خودش‏ پيچيده، چنباتمه نشسته و دورِ سرش‏ چالمه بسته بود و انگشت سبابه دست چپش‏ را به حالت تعجب به لبش‏ گداشته بود _ روبروى او دخترى با لباس‏ سياه بلند خم شده به او گل نيلوفر تعارف مى‌كرد... « (ص‏ 10 بوف‌كور(

داستان از اين نقاشى مى‌آغازد. دخترى كه در آن تصوير خم شده و گل نيلوفرى را به پيرمرد مى‌دهد، براى نقاش‏ يك تابوى خليده در ذهن است كه هستى راوى را مشروط به بازگويى راويت كرده است. پس‏ چاره‌اى نيست جز روايت يك رابطه‌ى ذهنى. سفر به عالم خواب تا بيدارى معنا يابد، از اين رو راوى زيركانه خواننده را به خواب مى‌برد تا همسفرش‏ باشد در اين طى طريق. در اين رويا، راوى عناصر و موتيف‌هاى نقاشى را جان مى‌دهد. (‌راوى در دو جاى از داستان خود را نيمه‌خدا و خدا مى‌داند كه توانايى آفرينش‏ دارد، اين را براى آن باور دارد كه به روشنى ديده است، موتيف‌هاى اين نقاشى را جان داده و در كنارش‏ قرار دارند.)

زمانِ رويدادِ رويا روز است، تنها در يك جا و آن‌هم آغاز ماجرا اشاره مى‌كند كه روز، زمانِ رويدادِ اين رويا بوده است: «... سيزده نوروز بود، همه‌ى مردم به بيرون شهر هجوم آورده بودند _ من پنجره اتاقم را بسته بودم براى اينكه سرفارغ نقاشى بكنم، نزديك غروب گرم نقاشى بودم يك‌مرتبه در بازشد و عمويم وارد شد _» (ص‏ 11)  

بخشِ نخست با مرگِ زن و تكه تكه كردن زنِ اثيرى‌ى كه به او جان داده بود پايان مى‌يابد و با كشيدن ترياك دوست دارد به حالت خمودگى و كرختى فرو رود و خود را تسليم خواب فراموشى كند، «‌از ته دل مى‌خواستم و آرزو مى‌كردم كه خودم را تسليم خواب فراموشى بكنم، اگر اين فراموشى ممكن مى‌شد.[...] به آرزوى خودم رسيده بودم.» (ص 51)

با فرو رفتن به خواب فراموشى، بخش‏ دوم مى‌آغازد: «‌كم كم حالت خمودت و كرختى به من دست داد [...] بعد حس‏ كردم زندگى من رو به قهقرا مى‌رفت، متدرجا" حالات و وقايع گذشته و يادگارهاى پاك شده، فراموش‏ شده زمان بچگى خودم را مى‌ديدم...» (ص‏ 51)  كه در بخش‏ دوم به شرح خوابِ خودخواسته‌ى خود مى‌پردازد. زمانِ رويداد آن هم دم صبح است، راوى تا پاسى از شب بيدار مانده و ترياك كشيده و حالا كه گرگ و ميش‏ است به خواب مى‌رود كه چندان زمانى نمى‌گذرد، شايد هم‌سان چند ثانيه يا دقيقه (در پايان كتاب مى‌گويد كه وقتى از خواب بيدار شدم هوا تاريك روشن بود و بانگ خروس‏ از دور شنيده مى‌شد‌) آن را برايمان بازگويه مى‌كند. او در خوابِ خود پاى به دنياى واقعى مى‌نهد و برخلافِ بخشِ نخست كه در روز رويا مى‌بيند و خود را نيمه‌خدا و خدا مى‌پندارد، و حسِ قدرت مى‌كند، در بخش‏ دوم، در دنياى واقعى ناتوانى خود را نشان مى‌دهد. دنيايى كه رَجَاله‌ها آن را اشغال كرده‌اند. رَجَاله‌هايى كه همه از دم شاگرد كله‌پزند. او آشكارا شاهد آن است كه همه‌ى اين رَجَاله‌ها با زن دمخورند و هماغوشى مى‌كنند، جز گزمه‌ها و پيرمرد كه برايش‏ ويژگى نيمه‌خدايى قايل است. (ص‏ 122 و 123) او با اين‌كه خواب مى‌بيند؛ اما بازهم همه‌ى اين دمخورى‌ها و هماغوشى‌هاى زن با رجاله‌ها را يك وهم مى‌داند كه به آن ايمان ندارد، او نمى‌تواند بپذيرد، آغوش‏ اين زن كه مى‌پرستدش‏ و دور شدن از او برايش‏ حكم نيستى را دارد و شيفته و شيداى اوست، به روى اين رجاله‌ها باز باشد. وقتى در كنارِ اوست، رجاله‌ها را مى‌بيند كه دوروبرش‏ مى‌پلكند. اين زن كيست؟ او كيست كه رختى سياه برتن كرده و چشمان شهلايش‏ هستى راوى را به باد داده است؟ و در همه‌ى داستان هم خاموش‏ است و حرفى نمى‌زند جز يك جمله كه آن را تكرار مى‌كند. چرا اين زن سياهپوش‏ تنها دوبار با راوى كه شوهرش‏ بوده هماغوشى كرده است؟ يك بار پيش‏ از ازدواج، آن هم در برابر جسد دايه، بار دوم دمى پيش‏ از كشته شدن به دست راوى. راوى بودن در كنار اين زن را دوست دارد و مى‌خواهد هم‌چون خودِ او، زن هم با اين رجاله‌ها قطع رابطه كند. اما رجاله‌ها او را دوره كرده‌اند. و تلاش‏ راوى براى نجات زن بيهوده مى‌نماياند. راوى مى‌داند زنِ سياهپوش‏ بخشنده است و هيچ‌كس‏ را از پذيرش‏ به آغوشش‏ باز نمى‌دارد، حتا خودِ راوى را. كنكاش‏ راوى براى شناختن اين زن هم‌چون خواننده‌ى متن بى‌فرجام است.